对小孔的钻孔操作可采用较特殊的方法以改善孔的品质，孔位精度及减少断针发生，较具代表性的方法是二次钻孔（Double Drilling）及分段钻孔（Step Drilling）二次钻孔是采用两种不同直径的钻针对同一孔作二次钻孔的方法.先用高刚性（High Rigidity），短排屑槽（Flute），不易弯折的钻针先钻出部分深度以作为导引孔（Guide Hole），其余部分再用规定排屑槽长度的钻针来完成.由于先用不易弯折的钻针钻出导引孔，所以第二支钻针开始钻时在导引孔处能容许少许弯曲（Bending），同时孔位准确度好.

孔曲（Hole Deviation）与钻头断针有相当密切的关系.当孔曲超过一定值後，钻针通常会在未达到设定的钻孔数前断针，所以对深孔操作钻孔起始位置的孔位及孔曲程度是非常重要的，由此可知采用两次钻孔来钻导引孔的方式是十分有效的.但在该情况下，两次钻孔若少有偏移导引孔位置时便会发生断针情形，因此采用两次钻孔就必须使用高度的钻孔机。

分段式钻孔是以同一钻针作多次往复式动作来完成钻孔操作，由于在钻孔过程中，钻针多次提起以利散热及排屑，因此减小断针及提高孔的品质对含许多内层的多层板的小孔钻孔尤为有效.例1.6毫米的板厚，0.15毫米的孔径，出使用分段式钻孔外，超小钻针易产生环氧胶渣及由于切屑的拖曳形成孔壁粗糙且断针的机会大增.