实验室净化工程等级设计也很关键，一般的无菌室实验室洁净度等级都是万级，一般普通实验室则大范围十万级~万级的布局设计。生物实验室、阳性对照实验室以及微生物培养实验室则需按照静态百级的洁净室标准进行设计、施工。

万级净化主要靠洁净的气流不断稀释室内的空气,将室内的污染逐渐排出,来实现洁净效果。室内的气流是以不均匀的速度呈不平行流动,拌有回流或涡流,不同等级的无尘室,主要是依靠单位时间内所送风量的不同来实现。 目前有十万级和三十万级两种标准。

洁净实验室的外围护结构如门窗、墙板、吊顶板、过滤器、电器灯具等方面要充分考虑其保温、隔热、防火、防潮、密闭性能好的要求，做到不产尘、无裂痕、可擦洗、耐潮湿，板缝平齐密封，压缝条平直缝隙小。地面则力求做到耐磨、耐冲击、耐火、耐侵蚀性好，不易产生静电，表面不易附着尘粒。

万级无菌室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间容积不宜过大，以便于空气自净。内间面积2 ×2.5＝5m2，外间面积1 × 2＝2m2，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。内间应当设拉门，以减少空气的波动，门应设在离工作台远的位置上，外间的门也用拉门，要设在距内间zui远的位置上。在分隔内间与外间的墙壁或 "隔扇 "上，应开一个小窗，作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都挂对拉的窗扇。