物流运输方式根据运输工具的不同可分为多种方式,不同的运输方式适合不同的货物，常见的方式有海洋运输、铁路运输、航空运输、公路运输、管道运输、集装箱运输、国际多式联运等。
铁路运输：
这是使用铁路列车运送客货的一种运输方式。铁路运输主要承担长距离、大数量的货运，在没有水运条件地区，几乎所有大批量货物都是依靠铁路，是在干线运输中起主力运输作用的运输形式。
铁路运输优点是速度快，运输不大受自然条件限制，载运量大，运输成本较低。主要缺点是灵活性差，只能在固定线路上实现运输，需要以其它运输手段配合和衔接。铁路运输经济里程一般在200公里以上。
水运：
这是使用船舶运送客货的一种运输方式。
水运主要承扭大数量、长距离的物流运输，是在干线运输中起主力作用的运输形式。在内河及沿海，水运也常做为小型运输工具使用，担任补充及衔接大批量干线运输的任务。
水运的主要优点是成本低，能进行低成本、大批量、远距离的运输。但是水运也有显而易见的缺点，主要是运输速度慢，受港口、水位、季节、气候影响较大，因而一年中中断运输的时间较长。
货运专线、全称货运列车专线铁路，简称货运铁路，是指以运营载货列车为主、必要技术作业列车为辅的铁路系统。货运专线有国家重载铁路和地方专用铁路两大种类，其中专用铁路在国内物流行业领域里又被广泛称为物流专线、即物流公司用自己的货车运送物品至其它的专线目的地。物流专线所属公司总部一般在目的地有自己的分公司，这样货车来回都有货装、减少空载返程徒增成本的风险。