北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，蕞早承担干部保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训示范基地，临床医学研究和技术创新的核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在国家三级公立医院绩效考核中排名第 一。
曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
在医疗实践的同时，曾学军教授致力于临床医学教育，任美国内科医师学会（ACP）Fellow、美国医学研究所（IOM）中国医学教育代表。曾荣获北京市高等教育改革二等奖、 “住院医师心中好老师”、北京市师德先进个人、北京协和医学院教学名师等荣誉，带领普通内科获得2015年北京协和医学院教学团队称号。2019年2月入选十大社区健康促进首 席专家。
2020年8月，北京协和医院风湿免疫科实验室完成了靶抗原特异性标志物的全部项目方法学升级，由传统手工、批量操作、定性检测的酶联免疫吸附测定（ELISA）升级为全自动、实时进样、高通量、定时检测的化学发光检测方法，可检测自身抗体60余种。这也是国内三甲医院第 一条专门用于自身抗体检测的全自动流水线，日运行通量可达1.5万次。报告时间缩短到0.5至1个工作日，为患者的精 准诊断提供了重要支撑。