先后获国家科技进步二等奖2项、省部级一等奖4项、何梁何利科学技术与进步奖，谈家桢生命科学临床医学奖，转化医学杰出贡献奖，吴阶平医药创新奖，中国工程院光华工程科技奖。北京大学人民医院血液科黄晓军加急住院挂号
北京大学人民医院血液科黄晓军加急住院挂号）兼任亚太血液联盟常委会主任、世界华人医师协会第四届理事会副会长、第四、五届中国医师协会血液科医师分会会长、第九届中华医学会血液学分会主委。
黄晓军教授主持国家863计划、国家杰出青年基金、国家自然基金重点项目等国家项目，在白血病等恶性血液病的、诊断等方面进行了系统性和开创性工作，以或通讯作者身份在新英格兰医学杂志（New Eng J Med，2篇）、临床肿瘤学（J Clin Oncol，1篇）、血液学（Blood，6篇）、白血病（Leukemia，5篇）等国际期刊发表SCI论文190篇，主编专著20部。牵头制定多项中国及亚太血液病指南/标准并推广普及，主持我国高水平多中心临床研究，领导建设中国造血干细胞移植登记数据库、慢性髓性白血病联盟，促进我国血液病诊治的规范化及人才建设。
北京大学人民医院血液科黄晓军专家门诊在线咨询。黄晓军，北北京大学人民医院，血液病研究所主任医师，教授，博士生导师，医学博士。临床擅长于血液系统疾病，造血干细胞移植后的移植物抗宿主病、感染和复发等各种移植合并症的诊断和处理，如白血病、地中海贫血、骨髓移植等疾病。主持国家863计划、国家杰出青年基金、国家自然基金重点项目等多项国家课题，以通讯或作者发表SCI论文270余篇，入选2014、2015年中国高被引学者榜单，获国家科技进步二等奖1项、省部级一等奖4项、吴阶平医药创新奖。