1、 有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
2、个别 “代理记账公司”没有代理记账资质（市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等），发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。
3、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
4、 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
5、代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
业务范围
1、代理各个税种的纳税申报，代理企业纳税情况自查及清算各种税款业务;
2、代理企业整体税务安排、投资项目税收评估，代理制作涉税文书。
3、建立企业纳税核算体系用办税制度，为企业设计财务制度。
4、协助企业进行股份制改及企业间兼并、收购工作，代理设计经营管理制度。
5、为企业提供报表分析，提供其他管理建议。
6、委托人要求的其他常年代理业务。
有百分之九十八的代理记账机构会提供整理原始凭证、编制会计凭证、登记账册、编制会计报表、纳税申报五项基本服务。
一般，代理机构会提供以下业务：
1、整理原始单据、记账凭证；
2、出具财务报表（资产负债表、损益表）；
3、每月纳税申报及税款交纳，年度所得税汇算清缴；
4、新公司国地税报到等；
另外，有些机构可以提供免费的每月报税短信通知，邮件通知服务。
建账业务
1、记账服务能为您解决以下问题：
a. 使用电脑进行代理记账，能为您提供及时的财务会计信息，如：往来款明细;成本费用分项明细;当期损益等。
b.能长期稳定财务，可避免频繁更换公司的财会人员;
c.能节约费用，支付代理记账费比招聘职员的费用低;
d.代理记账比一般的财会人员更专业，做账时，有效的进行税收筹划降低纳税风险。
e.开具了发票的代理记账费用可全额在当年税前列支。
2、代理记账业务工作程序：
a. 签订《代理记账业务约定书》，约定双方的权利和义务;
b.根据公司情况，设立公司账簿，进行建账初始化;
c.指导出纳完成现金日记账、银行存款日记账;存货仓库明细账;
d.审核凭证，登记账簿，编制报表，填写纳税申报表;