1、 有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
2、个别 “代理记账公司”没有代理记账资质（市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等），发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。
3、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
4、 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
5、代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
委托代理记账的委托人应当履行下列义务：
（1）对本单位发生的经济业务事项，应当填制或者取得符合国家统一的会计制度规定的原始凭证；
（2）应当配备专人负责日常货币收支和保管；
（3）及时向代理记账机构提供真实、完整的原始凭证和其他相关资料；
（4）对于代理记账机构退回的要求按照国家统一的会计制度规定进行更正、补充的原始凭证，应当及时予以更正、补充。
企业做账流程
1.根据原始凭证编制记账凭证
2.根据记账凭证编制科目汇总表
3.根据记账凭证和科目汇总表登记会计账簿(包括总账和明细账)
4.根据会计账簿(主要是总账)编制会计报表(包括资产负债表和损益表)
5.根据会计报表编制纳税申报表
6.年终结转损益(也可以逐月结转损益)
7.编制年度会计报表(包括资产负债表，损益表，现金流量表)
8.根据年度会计报表编制所得税年报和其他各税种的汇算清缴自查表
费用类发票处理 做好内部单据报销制度，规定报销时间，及时收集公司员工手中的费用，单据，将其归类入账。认真查看费用单据是否合法，未取得合法凭据的费用是无法得到税务机关的认可的。平时还应做好费用入账金额控制，对类似招待费、广告费等存在抵扣限额规定的费用科目，应及时核对发生金额，对超过抵扣标准的费用应减少其入账金额。