1、 有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
2、个别 “代理记账公司”没有代理记账资质（市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等），发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。
3、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
4、 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
5、代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
业务发票处理 将当月填开和取得发票分类入账，按照发票的性质分别通过存货、现金、银行存款、往来账户、应交税费以及费用科目进行核算。将全部专用发票入账后，查看进项税额和销项税额明细账的金额合计，是否与当月防伪税控开票系统统计的金额以及网上认证返回的认证金额是否一致，然后计算当月缴纳税金金额。
成本计算及入账处理 对生产性企业，应做好内部单据传递规定，将公司发生的所有与生产有关的内部单据及时有效的传递到财务手中，进行成本核算，确保成本计算的准确。及时编制制造费用归集、分配凭证；生产成本归集、分配凭证；产品入库凭证以及销售成本结转凭证。
做好费用计提及摊销做好每月固定发生的计提业务，如固定资产计提折旧、无形资产摊销、水电费计提、工资计提以及以工资为基数计提的福利费、教育经费、工会经费等，做到不漏提也不多提；对存在需要摊销的费用如开办费、材料成本差异等每月摊销的费用，及时做好摊销分配凭证。