1、 有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
2、个别 “代理记账公司”没有代理记账资质（市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等），发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。
3、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
4、 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
5、代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
好处
、 费用节省，享用专业团队的服务。
第二、 运用计算机技术，，低差错率。
第三、 政府审批，专业正规，保障经济责任，免除企业后顾之忧。
第四、 避免因会计人员变动造成企业不必要的经济损失，同时也节省了专职会计住房、社会保险开支。
第五、 避免专职会计技能单一，影响会计质量。
第六、自身记账需要亲自填制、整理、分类、装订各类凭证；更需不时亲自到工商、税务部门办理业务。而代理记账，会比较省心。
采取针对性措施，积极推动代理记账的实施。关于代理记账的推动及实施，我们认为除了有关部门单位大力宣传以外，应当由税务部门牵头推动其实施。一是税务部门同规模较小的单位组织，特别是一些规模较小的经营组织和个体工商户联系紧密，推广工作力度大；二是税务部门本身有这方面的经验，一方面，税务部门在建制建账上有着丰富的经验，另一方面，前几年税务部门曾进行过组织、督促小型经济组织及个体工商户建制建账工作，只是由于种种原因没有坚持下来；再有就是现有的税务师事务所可以马上开展这项业务。当然，代理记账仅仅靠税务部门一家是不够的，其他符合法律要求的中介组织和机构，也应当积极开展这方面的业务，为代理记账创造必要的条件。
委托代理记账的委托人应当履行下列义务：
（1）对本单位发生的经济业务事项，应当填制或者取得符合国家统一的会计制度规定的原始凭证；
（2）应当配备专人负责日常货币收支和保管；
（3）及时向代理记账机构提供真实、完整的原始凭证和其他相关资料；
（4）对于代理记账机构退回的要求按照国家统一的会计制度规定进行更正、补充的原始凭证，应当及时予以更正、补充。